La proprietà dell'infrastruttura è di Interporto Padova Spa : la superficie complessiva con il recente ampliamento, inaugurato nell'ottobre del 2010, è di circa 220 mila mq. E' dotato di due fasci ciascuno formato da tre binari e di un ulteriore fascio di due binari, ognuno con uno sviluppo rettilineo di 750 metri, lo standard europeo per questo tipo di infrastrutture. Il Terminal dispone anche di una officina per la manutenzione dei container, oltre ad impianti per il loro lavaggio ordinario e fisico chimico. Completano la struttura gli uffici operativi ed i servizi.

Per la movimentazione dei container vengono utilizzate 15 macchine operatrici (8 per la movimentazione dei vuoti e 7 per i container pieni): queste macchine, gommate, sono impiegate nelle operazioni di carico e scarico degli autotreni e dei convogli ferroviari.

Accanto e in sinergia con il Nuovo Grande Terminal di proprietà di Interporto Padova, opera il Terminal per il Trasporto Combinato e la stazione merci entrambe di proprietà di Rfi. Complessivamente l'area interessata dalle due strutture è di circa 153.000 mq. La stazione merci di Rfi di Padova Interporto, dispone di un fascio di 21 binari di presa e consegna per consentire la composizione dei treni completi. Accanto al fascio smistamento altri 7 binari permettono le attività di carrellamento stradale dei carri e le altre operazioni di presa e consegna delle merci sui vagoni tradizionali. Nel Terminal Intermodale di Rfi, adiacente a quello di Interporto Padova, vengono invece svolte le operazioni di carico e scarico delle casse mobili e dei semirimorchi. Esso dispone di due fasci di binari da 450 metri.